A levéltári anyag feldolgozása során az egyes nagyobb irategyüttesek (fondok) kialakításakor az intézmény szervezeti változásait vettük figyelembe. Az alábbi összeállítással tehát nem csak intézményünk történetének egyes fordulópontjait vettük számba, de Levéltárunk iratanyagának áttekintéséhez is segítséget kívánunk nyújtani.
1786. december 12.-én adta ki II. József az Állatgyógyászati Tanszék alapításáról illetve Tolnay Sándor kinevezéséről szóló rendeletet. A tanszék a pesti királyi magyar tudományegyetem Orvostudományi Karán kezdte meg működését 1787 nyarán. Az 1790-es évek végétől a tanszék mellett a gyakorlati képzéssel és gyógyászattal foglalkozó Állatgyógyintézet is működött.
1851. augusztus 10. Az Állatgyógyászati Tanszéket és Állatgyógyintézetet leválasztották a tudományegyetemről, ezt követően Pesti cs. kir. Állatgyógyintézet néven működött tovább.
1860. december 4. A magyar nyelvű oktatás bevezetésével egyidejűleg az intézmény elnevezése Pesti m. kir. Állatgyógyintézetre változott.
1869. március 8. A pesti m. kir. Állatgyógyintézet a vallás- és közoktatásügyi minisztériumtól a földmívelés-, ipar és kereskedelemügyi minisztérium fennhatósága alá került.
1875. szeptember 22. Az uralkodó jóváhagyta az új szervezeti szabályzatot, az intézmény elnevezése ekkortól: Magyar kir. Állatorvosi Tanintézet.
1890. szeptember 29.-én szentesítette az uralkodó az újabb szervezeti szabályzatot, amely alapján a tanintézet Magyar kir. Állatorvosi Akadémiává alakult át.
1899. február 11. Az akadémia főiskolai rangra emelkedett, a Magyar kir. Állatorvosi Főiskola élén már kinevezett rektor állt, amely
1906-ban a doktorrá avatás jogát is elnyerte.
1934-1945. Az állatorvosi képzés az 1934. évi X. törvénycikkel létrehozott Magyar kir. József nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Mezőgazdasági és Állatorvosi Karának Állatorvosi osztályán folyt.
1945 nyarán miniszterelnöki rendelettel állították fel a Magyar Agrártudományi Egyetemet, amely több más fakultással együtt magába foglalja az Állatorvostudományi Kart is.
1952. október 13. A Kar kivált a Magyar Agrártudományi Egyetemből és Állatorvostudományi Főiskola néven önállósult.
1962-ben, alapításának 175. évfordulóján az intézmény megkapta az Állatorvostudományi Egyetem címet és rangot.
2000. január 1. Gödöllői központtal megalakult a Szent István Egyetem, melybe az egyetem Állatorvos-tudományi Karként integrálódott be.
2016. július 1. Az Állatorvostudományi Egyetem ismét önálló intézményként folytathatta munkáját.